Histoire du COVID-19 – chapitre 8 - Partie 2. Critique de l'analyse de Lyons Weiler et aspects remarquables des génomes du SARS-Cov2 et des coronavirus de pangolin

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Histoire du COVID-19 – chapitre 8 - Partie 2. Critique de l'analyse de Lyons Weiler et aspects remarquables des génomes du SARS-Cov2 et des coronavirus de pangolin

Publié le 14/01/2021 à 12:50
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Auteur(s): Valère Lounnas et Gérard Guillaume pour FranceSoir

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Dans les parties 2, 3 et 4 de ce chapitre, nous allons regarder de près quelles sont les raisons qui font que l'on peut se demander si le SARS-Cov2 est bien d'origine naturelle. L'objection unanimement portée par la science officielle est que les anomalies génomiques relevées dans le SARS-Cov2 sont des effets de recombinaisons de segments entiers de virus et de mutations ponctuelles naturelles. Il est certain que la nature procède à de nombreuses recombinaisons de virus. Pour qu'elles aient lieu un ou plusieurs hôtes intermédiaires doivent être infectés en même temps par au moins deux virus susceptibles de se recombiner. L'acquisition d'une fonction nouvelle (comme l'addition du site de clivage de la furine) nécessite à la fois des recombinaisons et des mutations tout cela soumis à la pression évolutive qui élimine l'immense majorité des nouveaux virus moins optimaux que ceux qui les précédent.

C'est grâce à l'utilisation du procédé de recombinaison naturelle détourné que l'on peut fabriquer artificiellement des virus recombinés dans des cellules bactériennes (voir chapitre précédent, partie 1). Ces virus dits « recombinants » ne sont distinguables de virus naturels que par leurs structures de toute évidence hybrides, comme par exemple le branchement du domaine S1 dans un adénovirus pour en faire un vaccin. En ce qui concerne les mutations ponctuelles leurs fréquences et leurs positions peuvent être révélatrices de manipulations possibles. L'objection corollaire répandue, à savoir qu'une manipulation du virus aurait laissé des traces de sites de restriction, n'est pas à prendre au pied de la lettre. Comme nous l'avons vu précédemment, leur présence est tout à fait naturelle et il en existe toute une panoplie le long des génomes avec une fréquence assez élevée permettant ainsi les manipulations. Nous renvoyons le lecteur au chapitre précédent pour plus ample information. Cependant, sur ce point, il faut rappeler ici que des problèmes techniques concernant la limitation de la longueur des segments de synthèse (200 nt maximum) peut conduire dans certains cas à la nécessité d'introduire artificiellement, par PCR, des sites de restriction encadrant exactement l'endroit choisi pour la manipulation. L'introduction de ces sites va changer la composition en acides aminés autour de la séquence manipulée pouvant compromettre sa cohérence structurelle et sa fonction. Il peut donc être nécessaire de les effacer par manipulation inverse effectuée également par PCR. On évite le plus possible de faire cela pour gagner du temps et éviter de multiplier les risques d'erreurs abrogeant le succès de l'expérience.

 

Certains aspects du génome du SARS-Cov2 ont attiré l'attention et l'étonnement de nombre de chercheurs scientifiques qui ont émis des doutes sur l'origine naturelle du virus. Ils recouvrent les observations suivantes : (a) faible cohérence d'une grande partie du domaine S1 ;  (b) manipulation suggérée du motif  RBM de liaison au récepteur ACE2 ; (c) insertion du site de clivage de la furine ; (d) présence de très courts fragments du virus VIH (20 à 30 nt) ; (e) rupture d'harmonie fractale du génome du SARS-Cov2.

 

Les points soulevés par les chercheurs concernent principalement le domaine S1 du gène S du SARS-Cov2, qui recouvre le domaine baptisé région de Lyons Weiler (1378 nt), du nom du premier chercheur qui dès janvier 2020 a pointé une forme d'inadéquation par rapport au reste du génome. Le point (e) concernant les travaux du mathématicien Jean-Claude Perez et du Professeur Luc Montagnier qui nous révèlent une chose extraordinaire sur l'harmonie sous-jacente de la nature et l'adaptation presque parfaite du SARS-Cov2 à l'homme.

 

Arguments de Lyons Weiler soutenant l'hypothèse d'une recombinaison artificielle au niveau du domaine S1

 

C'est le chercheur universitaire Lyons Weiler qui ouvre le bal sur son site internet, le 30 janvier 2020, en exposant les données et les arguments qui le poussent à affirmer que le SARS-Cov2 pourrait être le fruit d'une expérimentation de recombinaison virale qui aurait fuité d'un laboratoire de recherche à l'Institut de virologie de Wuhan. Lyons Weiler a fondé The Institute for Pure and Applied Knowledge, USA, après avoir été Senior Research Scientist à la tête du laboratoire de bio-informatique de l'Université de Pittsburgh, de 2007 à 2014. Il est auteur de 80 articles publiés dans des revues scientifiques à comité de lecture et référencées sur PubMed.

Son argument principal réside dans l'observation que la séquence du génome du SARS-Cov2 perd une forme de cohérence sur une section contiguë d'une longueur de 1378 nucléotides (nt) soit 1.4%  de sa longueur totale. Sa mesure de cohérence se base sur la comparaison avec le virus ZC45, un coronavirus de type SARS, issu de la recherche militaire (voir chapitre 4 partie 4), le plus proche parent du SARS-Cov2 connu en janvier 2020. Si l'on compare des tronçons de quelques centaines de nucléotides entre les génomes de ZC45 et SARS-Cov2 on s'aperçoit d'une perte de niveau de corrélation (exprimé en % d'identité) sur une section d'une longueur de 1378 nt. Elle recouvre la portion N-terminale du domaine S1, plus la moitié de la portion C-terminale du domaine S1, jusqu'au motif de liaison au récepteur ACE2 de la protéine spicule du SARS-Cov2, soit 460 acides aminés. Cette section correspond à une perte de 20% d'identité de séquence par rapport au reste des génomes des deux virus comparés.

Le second argument de Lyons Weiler est que l'arbre phylogénique établissant les liens de parenté entre les virus, sur la base de leurs génomes complets, ne donne qu'une mesure d'auto-cohérence de 76% sur le positionnement du SARS-Cov2 par rapport aux autres lignées évolutives de coronavirus. Ce résultat, établi par une équipe de recherche 100% chinoise, est significatif et doit attirer l'attention. Il nous dit que le SARS-Cov2 ne s'inscrit pas avec la même fiabilité que les autres dans l'arbre généalogique des coronavirus. Il faut noter ce problème sans pour autant en déduire forcément que son origine n'est pas naturelle. L'arbre évolutif montre également deux autres branches avec moins de 100% de cohérence, en particulier la branche du SARS-Cov de 2002-2003 avec 86% de cohérence par rapport aux autres coronavirus, sans cependant être aussi bas que les 76% du SARS-Cov2. Cela signifie que les SARS-Cov ont quelque chose de particulier par rapport aux autres virus déjà recensés au moment de l'étude et qu'il manque des branches à l'arbre. A noter que la branche du MERS n'est pas non plus auto-cohérente à 100%.

L'argument corollaire de Lyons Weiler est que la protéine spicule des coronavirus à SARS fait l'objet d'intenses recherches de manipulation de génie génétique depuis une vingtaine d'années dans le but de déterminer les facteurs moléculaires permettant le franchissement de la barrière des espèces et tenter d'établir des protocoles de création de vaccins. Dans ce but, de nombreux outils de manipulation génétique, utilisables en routine, ont été mis au point, brevetés et commercialisés, comme le plasmide p-shuttle-SN issu de la recherche chinoise. Il permet la manipulation et l'échange de la partie N-terminale de la protéine S insérée dans un adénovirus inactivé dans un but vaccinal anti SARS. Lyons Weiler est très largement critiqué pour ses positions anti-vaccin et l'institut Pasteur de Shanghaï par l'intermédiaire de Pei Hao, un imminent chercheur et membre de l'Académie des Sciences Chinoise, s'est empressé de faire paraître une lettre de réfutation référencée par PubMed, la 628ème parution scientifique de sa longue carrière. Mais passons, sur les comparaisons de pedigree scientifique pour nous concentrer sur les arguments. Pei Hao avance deux arguments : (1) il est faux de dire que la séquence identifiée par Lyons Weiler est unique car elle partage quand-même environ 70% d'identité avec les séquences équivalente tirées des protéines S d'autre coronavirus ; (2) la similarité de cette séquence avec celle portée par le plasmide pShuttle-SN s'explique par le fait que celui-ci est fabriqué à partir du SARS-Cov.

 

Pei Hao a raison en ce concerne le point 2 mais son point 1 ne veut rien dire parce que cette région est très variable entre les coronavirus et donc forcément celle du SARS-Cov2 revêt un caractère d'unicité. La comparaison systématique entre les coronavirus les plus proches du SARS-Cov2, pris deux par deux, montre la divergence systématique du domaine S1 de la protéine S, en particulier de son sous-domaine N-terminal et du RBM. Les pourcentages d'identité des séquences de ces sous-unités sont systématiquement entre 5% et 20% inférieurs à ceux des génomes complets. Les exceptions étant les couples de virus très proches ZC45 et ZXC21 (vert) et SARS-Cov2 et RatG13 (bleu soutenu). Ces couples de virus ne présentent pas d'incohérence dans la région de Lyons Weiler et sont donc très cohérents entre eux. Les seuls virus en cohérence totale l'un par rapport à l'autre sont ZC45 et ZXC21 (vert) que l'on peut donc considérer comme des virus jumeaux. SARS-Cov2 et RaTG13 malgré une grande proximité montre une incohérence d'identité au niveau du RBM. On note de façon générale que la partie S1-N-terminale est systématiquement plus divergente que l'ensemble du domaine S1 sauf en deux occasions (bleu soutenu) ce qui semble être une possibilité peu commune.

Lorsqu'il a fait son calcul Lyons Weiler ne disposait pas des séquences des virus RaTG13, Pan-Cov-GD et Pan-Cov-GX. Mais il disposait du virus SARS-Cov (et même des virus RsSCH014 et Rs3367, en fait légèrement plus proches) et il aurait dû s'apercevoir que, dans une moindre mesure, l'incohérence apparaissait également entre SARS-Cov2 et SARS-Cov avec une baisse de 15% d'identité de séquence sur la même zone. Nous avons indiqué les paires de virus pour lesquelles la baisse d'identité de séquence dans la région concernée se situe à 15 % (jaune) et à 20% (rouge) et conduirait à l'observation faite par Lyons Weiler. Cela concerne les 2/3 des paires (15/21). Cela prouve que ce que Lyons Weiler a mesuré n'est peut-être pas une propriété particulière du SARS-Cov2 mais une propriété générale des coronavirus. Mais assurément, la mesure de Lyons Weiler montre que la  divergence du domaine S1 permettrait de mesurer le lien de parenté entre les coronavirus Bat-SL-cov plus sûrement que le pourcentage d'identité globale. 

De ces comparaisons, il ressort de façon remarquable que le virus Pan-Cov-GX serait en cohérence au sens de Lyons Weiler, en ce qui concerne S1, avec le virus SARS-Cov2 et RatG13 (bleu ciel). De même, Pan-Cov-GD serait en cohérence avec les virus ZC45 et ZXC21 (bleu ciel et bleu soutenu). Par contre, il n'y aurait pas de cohérence entre les virus Pan-Cov-GX et Pan-Cov-GD. Rappelons que ces deux virus proviennent de saisies de pangolins par les douanes chinoises à 18 mois d'intervalle entre juillet 2017 et janvier 2018 ( Pan-Cov-GX) et mars 2019 (Pan-Cov-GD) (voire chapitre 6, partie 4). Ces mesures tendraient à montrer que les deux coronavirus ayant tué les pangolins sont distincts sur le plan de l'évolution.

Le plus remarquable est que la composition en acides aminés des RBM de Pan-Cov-GX et Pan-Cov-GD est remarquablement plus proche du RBM du SARS-Cov2 et du RatG13, aux alentours de 75%, ou plus, alors qu'entre tous les autres coronavirus l'identité est ≤ 50% et descend jusqu'à 31%. Cela indique une forte similarité des RBM des virus de pangolins avec celui du SARS-Cov2 et, de façon tout à fait exorbitante, nous observons une identité de 98.6% (un seul changement Q498H, sans impact fonctionnel potentiel marqué, sur une séquence de 72 acides aminés) entre le RBM du SARS-Cov2 et celui de Pan-Cov-GD. Nous avons décrit ce fait tout à fait étrange dans la partie 4 du chapitre 6. Nous en avions conclu que cela impliquait : soit un taux de mutation non synonyme sur cette section du génome tout à fait hallucinant (impossible à obtenir en l'absence d'un forçage comme celui décrit au chapitre 2), soit une recombinaison aléatoire favorable du RBM tout à fait exceptionnelle puisqu'elle correspondrait à un échange avec un virus déjà quasi optimal pour infecter l'être humain. Cela nous semblait impossible étant donné que le récepteur ACE2 du pangolin est très éloigné du récepteur humain (dans la partie suivante consacrée à Li-Meng Yan nous reviendrons sur ce problème). Donc, s'il y a eu recombinaison ce serait entre des virus circulant à bas bruit chez les êtres humains.

 

En ce qui concerne les virus ZC45 et ZXC21, la comparaison de leurs RBM avec les autres coronavirus de type SARS révèle à quel point ils sont très éloignés des autres coronavirus à SARS. Pourtant cela ne les empêchent pas de potentiellement créer ce type de maladie pulmonaire chez les rats de laboratoire avec pénétration cérébrale (voir chapitre 4 partie 4).

 

La théorie peu convaincante du pangolin hôte intermédiaire « purificateur »

Les pourcentages d'identité du RBM, calculés entre toutes les paires de coronavirus les plus proches du SARS-Cov2, ne font que renforcer l'idée que quelque chose de tout à fait exceptionnel s'est produit, rendant très peu crédible la théorie qui tente de démontrer sans apporter de preuve que le RBM du virus Pan-Cov-GD serait le résultat d'une évolution convergente dans deux hôtes différents. Comme cette théorie n'a pas de fondement réaliste, une autre théorie, celle du pangolin comme hôte intermédiaire « purificateur » a été élaborée pour faire l'objet d'un article publié dans Science. C'est le fruit d'une collaboration sino-américaine au plus haut niveau de sérieux puisque le premier auteur Xiaojun Li est affilié au « ô combien célèbre » Los Alamos National Laboratory et le dernier auteur Feng Gao au Engineering Laboratory for AIDS Vaccine de l'University de Changchun en Chine. Dans cette théorie le RBM du virus Pan-Cov-GD aurait été acquis suite à une série de recombinaisons.

Cette théorie n'est pas prouvée formellement car le RBM du SARS-Cov2 est très long (72 aa) et on ne peut pas trouver un sous-groupe des quelques 43 coronavirus connus de type SARS-like (i.e. proche du type SARS) qui puisse permettre sa reconstruction. En effet, il faut procéder par morceaux adjoints ou superposés de séquence qui seraient complémentaires avec d'autres fragments de séquence du RBM du RaTG13. Cependant, il y existe une très grande variabilité malgré une structure sous-jacente très similaire caractérisé par une longueur souvent comparable (71-72 aa) et des acides aminés 100% conservés dans l'évolution à des positions fixes ce qui signe l'appartenance du virus à la classe de type SARS. Par exemple, le RBM du SARS-Cov est tout à fait similaire de ce point de vue à celui du SARS-Cov2, c'est d'ailleurs pour cette raison que l'Institut Pasteur savait dès le 15 janvier que le SARS-Cov2 était un virus potentiellement très dangereux.  A ce titre d'ailleurs il est étonnant de constater à quel point le RBM du virus Pan-Cov-GX partage deux sections de son RBM, de 9 et 22 aa, quasiment totalement identiques aux RaTG13 et SARS-Cov2. Cela confirme sa proximité évolutive avec ces deux virus suggérée par l'analyse de la section précédente.

Il faudrait donc faire appel à un processus de recombinaisons si multiple qu'il correspondrait à un grand nombre de mutations ponctuelles (au moins une vingtaine). D'ailleurs  Xiaojun Li l'admet puisqu'il suggère des recombinaisons qui auraient eu lieu en amont et en aval du RBM favorisant l'insertion d'un RBM provenant d'un virus intermédiaire non identifié jusqu'à présent.

Les recombinaisons de virus ont lieu de façon aléatoire quand la polymérase s'arrête par accident de transcrire le code génétique du virus et que des brins d'ARNm semi-transcrits se recombinent entre eux. Dans leur immense majorité les recombinaisons ne sont pas viables, mais lorsqu'elles le sont elles peuvent conduire à des virus radicalement différents des virus initiaux.

La détection des recombinaisons qui ont pu avoir lieu peut se réaliser avec un programme heuristique (empirique) RIP ou RDP3 qui détermine automatiquement les portions potentielles de génomes susceptibles de s'être échangées entre des virus connus du même type ou de types voisins. Cela se base sur la comparaison systématique de morceaux de séquence d'un virus par rapport à deux autres susceptibles de s'être recombinés. Les recombinaisons potentielles doivent être confirmées phylogénétiquement pour s'assurer qu'elles aient pu effectivement avoir se réaliser le plan spatial géographique et temporel. Toute la difficulté est là. Par exemple, il est impossible que le variant anglais de décembre 2020 soit une recombinaison d'une souche initiale de Wuhan, disparue depuis lors, avec un variant provenant d'Afrique identifié par l'équipe du Pr Raoult en septembre octobre à l'IHU-Méditerranée de Marseille. Mais les contraintes évolutives peuvent favoriser systématiquement certains types de recombinaisons qui peuvent donc se reproduire en des lieux différents. Les variants similaires créés, différent cependant en d'autres endroits de leurs séquences par rapport au premier variant repéré.

Xiaojun Li écrit cette phrase qui souligne le point faible de son article : « En comparant avec le logiciel RIP le virus Wuhan-Hu-1 (NDA premier isolat humain du SARS-Cov2) aux virus  Pan_SL-CoV_GD et RaTG13, comme représentant de deux branches distinctes d'hôtes dans l'histoire de l'évolution du SARS-CoV-2 nous identifions de nombreux points de recombinaisons possibles en amont et en aval du RBM. Cela suggère que le SARS-Cov2 serait issu de recombinaisons entre les coronavirus de chauve-souris et de pangolins ».

Il ne s'agit que d'une suggestion et non  d'une preuve formelle. Par ailleurs, cela suppose que les coronavirus de pangolins existent en tant que tels. Mais malheureusement tout porte à croire qu'ils ont été infectés par les contrebandiers chinois. Rappelons qu'en dehors des pangolins de Ganxji et Guangdong aucun autre pangolin, captif ou à l'état sauvage, n'a été analysé pour détecter la présence de coronavirus. Pourtant, ce serait tout à fait réalisable d'envoyer une mission effectuer des prélèvements sur les pangolins dans le sud-est asiatique à l'instar de Shi zheng Li qui était allée chercher dans une grotte du Yunnan le virus ancêtre du SARS-Cov de 2002-2003.

Comme le rappelle à juste titre Li-Meng Yan dans son article « Une arme biologique totale », l'équipe du Dr. Daszak a examiné 334 échantillons de pangolins, collectés en Malaisie et Sabah entre août 2009 et mars 2019 sans trouver la moindre trace de coronavirus.  Comme Shi Zheng Li, Peter Daszack sait très bien qu'il faut aller chercher les virus là où ils peuvent se trouver. Il est directeur de l'institut non gouvernemental Eco Health Alliance (New York) et avait collaboré avec Shi Zheng Li concernant la traque du virus progéniteur de l'épidémie de 2002-2003 dans le Yunnan. Cette traque intelligente les avaient conduit à l'identification entre 2011 et 2012 des virus RsSCH014 et Rs3367, parents du SARS-Cov. Avec la même rigueur logique Peter Daszack a grandement contribué à fermer définitivement la porte à la possibilité que le pangolin puisse avoir été un hôte intermédiaire.   

D'autre part, on ne voit pas très bien comment des pangolins en provenance du Vietnam en mars 2019 auraient pu développer des recombinaisons virales avec un virus extrait en 2013 d'une mine désaffectée du Yunnan, située à plus de 2000 km de distance de leur habitat sauvage et stocké en laboratoire avant d'infecter des contrebandiers. Il ne faut pas oublier que ce sont les pangolins qui sont morts, et non les contrebandiers, ce qui indique plutôt une contamination des animaux par les contrebandiers et non l'inverse. Leur décès systématique démontre que les pangolins étaient naïfs au virus. La logique des faits contredit donc fortement la conclusion de cet article. Seule la découverte d'autres coronavirus de pangolins ou d'autres espèces animale avec un pourcentage d'identité au- dessus de 97% pourrait confirmer l'hypothèse de cet article. Mais nous en doutons fort et le peu d'empressement que la Chine met à investir dans la recherche de l'animal hôte intermédiaire semble nous donner raison.

En raison des ravages que fait le SARS-Cov2 dans les élevages de visons en Europe, et la rétro-transmission du virus des visons à l'homme, il a été proposé récemment que ces animaux puissent avoir jouer une rôle intermédiaire dans l'origine de l'épidémie. Mais, a priori, cela ne semble pas une piste sérieuse. Il est impossible qu'une telle chose ait pu passer inaperçue initialement. D'ailleurs, l'annonce de cette hypothèse aurait grandement arrangé la Chine en dédouanant ses marchés aux animaux sauvages ainsi que l'Institut de Virologie de Wuhan et son laboratoire P4. Les visons certainement comme les pangolins sont très probablement les victimes collatérales du virus véhiculés par les hommes. Mais, on voit qu'ils peuvent facilement amplifier l'épidémie et on se rend compte du danger des fermes d'élevages d'animaux qui ne sont pas des animaux domestiques avec lesquels l'homme a coévolué ces derniers millénaires. 

 

Mise au point d'un RBM optimal en laboratoire possible à partir de 2018

Avant de conclure nous ouvrons un a parte sur la mise au point possible en laboratoire d'un RBM optimal pour infecter l'homme. Nous avons déjà largement expliqué au chapitre 3 partie 2 comment Shi Zheng Li et Ralph Baric avaient construit le premier virus Covid synthétique en branchant la protéine S du virus RsSCH014 (95,6% d'identité avec le SARS-Cov et 80.6% avec le SARS-Cov2) sur le SARS-Cov adapté aux souris. Ils s'étaient rendu compte ensuite, ô miracle, de la pleine capacité du virus hybride à infecter les cellules pulmonaires humaines.  Shi Zheng Li qui avait identifié les virus RsSCH014 et Rs3367 (95,9% d'identité avec le SARS-Cov) dans le Yunnan venait d'établir à quel point la transmission à l'homme était conditionnée par la protéine S. Le virus Rs3367 a été également séquencé dans le laboratoire de Shi Zheng Li et cultivé sous le nom de SL-Cov-WIV1. Ce qui n'est pas claironné sur les toits c'est que le RBM du Rs3367 est 93% identique à celui du SARS-Cov au niveau des acides aminés (seuls 5 sur 71 aa diffèrent, 97.2% d'identité au niveau de l'ARN) malgré les quelques 8 années d'évolution qui les séparaient, ce qui accréditait d'ailleurs l'origine du SARS-Cov dans le Yunnan à 2000 km de Canton. Le virus ayant engendré le SARS-Cov était très certainement, selon le taux de mutation établi pour les Bat-SL-Cov (environ 84/an pour l'Orf1a, voir chapitre 6 partie 3), un virus jumeaux au Rs3367 partageant au moins 98% d'identité avec lui. La paire Rs3367/SARS-Cov est cohérente au sens de Lyons Weiler ce qui indique leur très proche parenté, comme entre les virus ZC45 et ZXC21. Sans l'incohérence au niveau du RBM la paire RaTG13/SARS-Cov2 le serait également. Dans la partie suivante, nous reviendrons sur ce problème qui révèle une fois de plus que décidément quelque chose cloche étrangement à ce niveau.

 

Depuis 2003, une intense recherche a eu lieu en Chine pour élucider sur le plan structural le mode de liaison du RBM avec le récepteur ACE2  humain. Son aboutissement à eu lieu avec la parution le 8 août 2018 de la structure par microscopie électronique du trimère de la protéine S du SARS-Cov (virus humain non muté) lié au récepteur hACE2. Il s'agissait là d'une avancée scientifique majeure, réalisée par Wenfei Song et al., une équipe 100% chinoise basée à Pékin (Beijing Advanced Innovation Center for Structural Biology), qui ouvrait la possibilité d'optimisation du RBM en s'appuyant sur les techniques bien établies de modélisation et de simulation de dynamique moléculaire que les chercheurs chinois maîtrisent parfaitement. Cette structure (code pdb : 6ACK) du complexe S-ACE2 a révélé l'extrême complexité de la liaison du RBM sur sa longueur de 72 acides aminés. Seulement une douzaine d'acides aminés sont en contact avec le récepteur, mais ils forment ensemble une conformation structurale qui permet de les présenter au récepteur de façon très précise. En se basant sur les séquences des RBM des virus Rs3367, RsSCH014 et RaTG13 (tous issus du laboratoire de Shi Zheng Li) on peut générer 402 hypothèses de RBM possibles qui peuvent être testées in computo en quelques jours, voire 2 ou 3 semaines au plus. Les meilleures séquences peuvent ensuite être testées dans la réalité.   

Pour résumer nous concluons que : (a) les virus de pangolins sont des virus humains qui circulaient chez les contrebandiers chinois ; (b) entre juillet 2017 et janvier 2018 circulait chez l'homme le virus Pan-Cov-GX apparenté par son RBM au RaTG13 ; (c) en mars 2019 circulait chez l'homme un virus à 90% identique au SARS-Cov2 et dont le RBM était 98,6% identique à celui du SARS-Cov2 ; (c) les 90% d'identité du Pan-Cov-GD interdisent que ce virus soit le progéniteur direct du SARS-Cov2. L'adaptation naturelle directe de son RBM à l'homme ne paraît pas une hypothèse raisonnable dans l'écosystème naturel des chauves-souris. En l'absence de l'identification d'un virus proche chez un animal intermédiaire, présent sur un marché aux animaux sauvages, elle ne peut logiquement provenir que d'une expérience GOF, par design moléculaire, suivi d'un forçage expérimental adaptatif d'un coronavirus proche du RaTG13 chez un primate de laboratoire. Évidemment, la logique n'est pas une preuve mais une indication vers où chercher. Une expérience similaire aurait pu conduire au Pan-Cov-GX. Un ou plusieurs virus, portant un RBM identiques à celui du SARS-Cov2, aurait pu déjà circulé à bas bruit dans la population de Wuhan depuis le début de l'année 2019.  

 

Finalement, même si les conclusions que tire Lyons Weiler d'une analyse incomplète sont erronées ou du moins trop hâtives, l'extension systématique de son approche met en exergue une incohérence d'identité de séquence, semblable à celle qu'il révèle, entre la plupart des coronavirus à SARS. Cela s'expliquerait par la très grande pression évolutive sur ce gène, exarcerbée au moment du franchissement de la barrière des espèces. Cependant, en zoomant sur le RBM on se rend compte de l'existence d'autres problèmes de cohérence troublants entre le SARS-Cov2 et les deux virus les plus proches que sont le RaTG13 et le Pan-Cov-GD. Nous remercions Lyons Weiler et les personnes comme lui qui permettent d'entamer une discussion approfondie sur la question de l'origine du SARS-Cov2.  Il semble exclu définitivement que les malheureux pangolins en voie de disparition soit un hôte intermédiaire du SARS-Cov2. Ils sont par contre les témoins post-mortem que des virus à SARS circulaient en Chine entre 2017 et 2019. 

 

Rédaction achevée le 10 janvier 2021

Auteur(s): Valère Lounnas et Gérard Guillaume pour FranceSoir


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Un virus à gain de fonction naturel ou pas naturel, là est la question – la logique n'est pas une preuve mais une indication où chercher.

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