Histoire du COVID-19 – chapitre 6 - Partie 2 : Pourquoi le séquençage complet du virus RaTG13 n'a pas été communiqué par Shi Zheng Li avant février 2020 ?

Histoire du COVID-19 – chapitre 6 - Partie 2 : Pourquoi le séquençage complet du virus RaTG13 n'a pas été communiqué par Shi Zheng Li avant février 2020 ?

Publié le 30/11/2020 à 16:09
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Auteur(s): Valère Lounnas et Gérard Guillaume, traduction de textes de la presse chinoise par Erwan Guillaume pour FranceSoir
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Retrouvez ici la partie 1 

Nous sommes obligés ici de faire une digression très importante à propos du virus RaTG13.  Sa séquence déposée dans une banque de données internationale en février 2020 est arrivée à  point nommé pour expliquer l'existence d'un ancêtre du SARS-Cov2 chez les chauves-souris. En effet, le SARS-Cov2 possède 96,2%  d'identité de séquence complète avec le RaTG13.

 

Cependant, quelques faits entourant le dépôt de la séquence du génome du RaTG13 posent problème. Tout d'abord, pourquoi avoir publié, en février 2020, le génome d'un virus provenant d'un échantillon prélevé en 2013 sur une chauve-souris (Rhinolophus affinis) dans la province du  Yunnan ? Shi Zheng Li donne une explication en apparence simple et sans ambiguïté, dans un article publié dans Nature le 3 février 2020. Le génome complet du virus a été séquencé suite au fait qu'une séquence partielle de polymérase virale (RdRp), contenue dans l'échantillon RaTG13, (récolté en 2013 dans le Yunnan) matchait la séquence du virus extrait de patients en décembre 2019.

 

Cependant, il s'avère que les noms des fichiers de lecture des séquençages brutes du RaTG13, téléchargés vers la banque de données internationale GenBank, ont été trouvés par un membre anonyme de DRASTIC (Decentralized Radical Autonomous Search Team Investigating Covid-19) - une équipe d'enquêteurs indépendants sur le Covid-19. Les noms des fichiers indiquent que les expériences de séquençage se seraient étalées sur 15 moins, entre juin 2017 et septembre 2018. Nous pensons que les dates des fichiers sont fantaisistes par ce qu'en réalité le séquençage moderne d'un virus ne prend pas autant de temps. La Chine a annoncé le séquence du SARS-Cov2 dès le 13 janvier.  Shi Zheng Li publie dans Nature qu'elle a séquencé le virus BaTG13 durant le mois de janvier suite au séquençage du SARS-Cov2. L'Institut Pasteur a séquencé le génome du SARS-Cov2 à partir de patients français infectés en 3 jours (en routine cela prend 10 jours). Donc, une opération de séquençage étalée sur 15 mois semble être une désinformation orchestrée pour entretenir le flou sur le date réelle du séquençage du RaTG13 à l'Institut de virologie de Wuhan. Cela permet peut-être de couvrir d'autres problèmes potentiels. Certains des quelques 28 collaborateurs de Shi Zheng Li, coauteurs de la publication dans Nature, ne pouvaient ignorer que les noms des fichiers officiellement déposés dans GenBank étaient en contradiction flagrante avec le texte de l'article accompagnant le dépôt de la séquence du RaTG13. 

 

Répondant probablement à cette révélation, dans son entretien par e-mail avec le magazine Science, le Shi Zheng Li contredit ce qu'elle avait écrit dans son article paru dans Nature et affirme que le séquençage du génome complet du  RaTG13 avait été effectué en 2018. Comment peut-on se « gourer » à ce point-là, dirons-nous avec de l'humour, car il en faut pour échapper au dogmatisme ambiant. Dans ce contexte de déclaration de collégienne, peut-on prendre pour argent comptant la déclaration que le RaTG13 n'a jamais été cultivé ?

Voici, traduite de l'anglais, la question posée par le correspondant de Science et la réponse de Shi Zheng Li :

 

« Que pouvez-vous nous dire à propose de la grotte [NDA, il s'agit en fait d'une référence à un incident dans une mine abandonnée] de Mojiang en 2012 ? Quand avez-vous isolé pour la première fois le RaTG13 ? Quand avez-vous achevé sont séquençage complet ? »

 

Shi Zheng Li répond : « Nous avons détecté le virus par RT-PCR (avec des amorces couvrant largement les coronavirus) dans un prélèvement fécal de chauve-souris de 2013, provenant de la  ville de Tongguan, dans le comté de Mojiang dans la province du Yunnan, et obtenu la séquence partielle de sa polymérase RdRp. En raison de la faible similarité de cette séquence avec celle du SARS-CoV, nous n'y avons pas prêté d'attention particulière. En 2018, comme la capacité de séquençage nouvelle génération (NGS) de notre laboratoire s'était améliorée, nous avons procédé au séquençage du virus en utilisant ce qui nous restait de l'échantillon. Nous avons ainsi obtenu la séquence complète du génome du RaTG13 sauf pour les 15 derniers nucléotides à l'extrémité 5’. Le virus RaTG13 n'a été détecté que dans un échantillon parmi tous les échantillons de chauve-souris collectés. En 2020, nous avons comparé les séquences du SARS-CoV-2 avec celle de notre coronavirus de chauve-souris non publié, RaTG13, et découvert qu'elles partageaient 96.2% d'identité. Le RaTG13 n'a jamais été isolé ou cultivé. »

 

Pourquoi Shi Zheng Li n'a-t-elle pas publié la séquence du RaTG13 en 2018, elle qui a systématiquement accès au journal Nature, le journal scientifique le plus coté au monde ?

Étant donné le coût des nouveaux équipements de séquençage automatisé qu'elle mentionne dans sa réponse, la certitude de pouvoir publier dans un grand journal comme Nature et sa profession de foi, revendiquée, concernant la recherche et la prévention des zoonoses transmises par les chauves-souris, elle n'avait pratiquement aucune raison valable de retenir une telle séquence confidentiellement dans son laboratoire.

 

Soit jugeait-elle que cette séquence n'était pas d'une qualité suffisante pour être publiée, soit au contraire qu'elle était trop précieuse ou trop sensible pour être divulguée. Certain aficionados des théories complotistes pourraient se laisser aller à imaginer qu'elle pensait pouvoir l'utiliser à des fins de manipulations à gain de fonction (GOF). Une telle éventualité, sans intention de nuire, pourrait être crédible en raison du cursus avéré de Shi Zheng Li en matière de manipulations GOF (que nous avons présentées au chapitres 2 et 3). Il faut comprendre que pour une savante de la classe de Shi Zheng Li il est important de garder la primauté d'une découverte potentielle.  L'étude et la manipulation de la séquence d'un nouveau coronavirus peut permettre une nouvelle découverte et le risque de se voir doubler par un autre scientifique, dans le cas d'une publication trop rapide. Cependant, pour des raisons techniques il n'était pas possible que Shi Zheng Li ne puisse pas avoir le contrôle des découvertes reliées à cette séquence après son dépôt dans GenBank. La rétention de cette séquence complète entraîne donc des questions. Combien de génomes complets de coronavirus de chauves-souris, séquencés à l'Institut de virologie de Wuhan et son laboratoire P4, n'ont pas encore été révélés à la communauté scientifique internationale ?  Il est indéniable que quand l'épidémie de SARS-Cov2 a éclaté à Wuhan, Shi Zheng Li s'est trouvée prise de court et a été obligée de publier immédiatement cette séquence dont d'autres personnes (chercheurs et techniciens) étaient forcément au courant. Un audit international scientifique de l'Institut de virologie et du laboratoire P4 de Wuhan s'impose. Mais la Chine n'est pas prête de l'accepter...

 

Mais il y a une autre raison très probable à la rétention par Shi Zheng Li de la séquence du RaTG13. Il est possible que le RaTG13 n'ait pas été publié par ce qu'il était en rapport avec un incident resté confidentiel de contamination zoonotique par un virus de type SARS-Cov. Cet incident, assez inquiétant en lui-même, qui a eu lieu en 2012 dans une mine à Mojiang, n'avait pas été déclaré à l'OMS pour des raisons qui restent obscures. Peut-être les tonnes de guano organique extraites avaient été vendues pour être épandues dans des champs en Chine ou exporter ailleurs pour être vendues très cher comme engrais de jardin à l'étranger ? Il faut se rendre compte que le trafic lucratif peut être à l'origine d'une épidémie. La peste de 1720 à Marseille est réputée avoir été introduite suite à la manœuvre des édiles de la ville pour éviter de perdre le bénéfice commercial d'une cargaison précieuse en provenance du Moyen-Orient, alors que des marins étaient morts de la peste à bord du bateau. Nous ne disons pas qu'une chose similaire s'est passée à Mojiang, mais cela montre qu'il faut rester extrêmement prudent vis-à-vis de toute ingérence dans le monde des chauves-souris car les conséquences peuvent être incalculables. L'absence déclaration à l'OMS de cet incident est très fâcheux car les autorités chinoises ont ainsi battu en brèche les efforts de surveillance internationale organisés pour prévenir les zoonoses du type SARS, dont la Chine est le foyer majeur.

 

L'incident de la mine de Mojiang

Dans son article d'investigation, publié le 12 octobre 2020 dans Changing Times, Annette Gartland donne le récit et les informations entourant l'incident de Moijang. Elles ont été déterrées par l'équipe DRASTIC qui montre qu'une base de données contenant des informations non publiées sur le séquençage d'échantillons collectés par l'Institut de virologie de Wuhan lors de voyages vers une mine de cuivre abandonnée du Yunnan a été retirée de l'internet.

 

On y apprend que six des hommes qui travaillaient dans la mine, enlevant les excréments de chauves-souris d'une grotte, ont souffert d'une grave maladie de type pneumonie en 2012. Trois d'entre eux sont décédés. Les mineurs avaient une forte fièvre, une toux sèche, des membres endoloris et, dans certains cas, des maux de tête - autant de symptômes qui sont maintenant associés au Covid-19.

 

Annette Gartland relate également des faits présentés dans un article publié par deux chercheurs scientifiques indiens, Rahalkar et Bahulikar. On découvre qu'un mémoire de maîtrise (en langue chinoise) a été trouvé sur le site Web cnki.net, décrivant en détail la maladie grave des mineurs. La thèse conclut qu'un coronavirus semblable au SARS-Cov provenant de chauves-souris (Rhinolophus) était l'agent causal prédit. Cette thèse, publiée en 2013, a été rédigée par le médecin chinois Li Xu, qui a soigné les mineurs et envoyé leurs échantillons de tissus à l'Institut de virologie de Wuhan.

Trois des mineurs sont morts dans un intervalle de 12 à 109 jours et trois ont survécu. La thèse comprenait des rapports médicaux, des images radiologiques telles que des tomodensitogrammes et des informations détaillées concernant le diagnostic et le traitement des mineurs. La radiographie a montré une pneumonie interstitielle et un syndrome de détresse respiratoire aiguë sévère (SDRA) chez certains patients. Certains ont montré des complications de la coagulation telles qu'une thrombo-embolie pulmonaire ou une thrombose.

 

La conclusion du Dr Zhong Nanshan (expert en maladies respiratoires et à présent conseiller national sur les épidémies de SRAS et de Covid-19) qui a assuré la consultation à distance des deux mineurs le plus gravement atteint,  était que leur pneumonie semblait être principalement virale et qu'elle était très probablement due à des coronavirus liés aux chauves-souris.

 

Les deux chercheurs ajoutent que, selon une traduction de la thèse de doctorat de Canping Huang : « les résultats des tests sanguins de quatre cas ont montré que : ces personnes portaient des anticorps IgG du virus du SRAS, dont deux qui étaient guéris avaient des niveaux d'anticorps plus élevés… et deux qui sont restés hospitalisés avaient des niveaux d'anticorps inférieurs… ».

 

Ils semblerait donc qu'un coronavirus à SARS proche du SAS-Cov2 ait pu infecter les mineurs. Les détracteurs de cette hypothèse avancent l'argument tout à fait faux que si les mineurs avaient été infectés par un coronavirus de cette nature, alors l'épidémie locale n'aurait pas pu être contenue. Rappelons que les mécanismes pré-épidémiques sont très mal connus et que les virus très pathogènes ne déclenchent pas forcément d'épidémie sur le coup. Les mineurs qui ont déblayé des tonnes de guano de chauve-souris dans la mine désaffecté de Mojiang près de la ville de Tuongguan ont baigné, au début d'avril, entre 4 jours et 2 semaines dans un aérosol de particules fines pénétrant leurs poumons. Ils ont été probablement contaminés par un virus très pathogène mais extrêmement peu contagieux puisque personne d'autre n'a été touché dans le personnel médical. Ils ont commencé à faire face à des problèmes respiratoires, de la toux et de la fièvre qui ont nécessité une admission immédiate à l'hôpital de Kunming, fin avril et tôt en mai.  Au chapitre 1, nous avons évoqué le virus de Marbourg, qui a causé la mort de quelques visiteurs imprudents de la grotte du Kitum et de 7 laborantins en Allemagne sans toutefois se transformer en épidémie. En ce qui concerne le MERS, quelques cas ont été détectés en Europe, dont 2 cas en France en 2013, sans créer d'épidémie. Cependant, l'absence de contamination peut être un phénomène très versatile, comme nous l'avons souligné précédemment.

 

Dans son article Annette Gartland mentionne qu'un membre de l'équipe DRASTIC, qui tweete sous le pseudonyme @ TheSeeker268, dit qu'en juillet 2012, quelques mois après l'épidémie de pneumonie chez les mineurs de Mojiang, il y a eu une opération de contrôle épidémique dans la zone de Tongguan qui a duré six mois.

 

Ce qui est certain c'est que le mystère et la désinformation ont une fois de plus régné sur cet incident. Rahalkar et Bahulikar s'interrogent : « Pourquoi la mine de Mojiang a-t-elle été visitée par des chercheurs jusqu'en octobre 2014 ? Des questions demeurent également quant à la raison pour laquelle le Dr Shi Zheng Li a attribué l'épidémie de Mojiang à une moisissure dans l'interview avec Scientific American. »

 

Nous avons traduit ce que dit exactement Shi Zheng Li dans son interview du 1er juin 2020 : « Le puits de mine puait terriblement » dit-elle, malgré le fait qu'elle portait une combinaison de protection et un masque. « Le guano de chauve-souris, recouvert de moisissure s'entassait dans la grotte » et elle ajoute de façon délectable : « Bien que la moisissure se soit révélée être l'agent pathogène qui a rendu malade les mineurs, ça n'aurait été qu'une question de temps avant qu'ils n'attrapent des coronavirus si la mine n'avait pas été fermée rapidement. »

 

- « Tiens pardi ! » avons-nous envie de lui rétorquer. On ne peut pas plus se moquer du monde.

 

Nous ne sommes pas les seuls à douter car Shi Zheng Li se défend en publiant, le 17 novembre 2020, un addendum à son article dans Nature où elle tente de démontrer que les mineurs n'ont pas été infectés par un coronavirus à SARS. Une fois de plus elle désinforme habilement. Mais elle est bien obligée de révéler que son groupe a collecté 1322 échantillons dans cette mine, entre 2012 et 2015. Ces échantillons ont permis d'identifier par PCR, sur la base d'une partie de la protéase RdRp, la présence de 284 alphacoronavirus et 9 betacoronavirus. Les 9 betacoronavirus identifiés sont des coronavirus de type SARS-Cov. Rien que ça, avons-nous envie de dire. Donc elle admet, et même va plus loin en précisant qu'un de ces 9 virus est bien le RaTG13. Elle continue sa défense en précisant que la séquence partielle du gène RdRp du RaTG13 a été déposée à la GenBank en 2016, sous le code d'accession KP876546. C'est vrai, et le titre de l'article publié accompagnant ce dépôt est : « Coexistence de multiple coronaviruses dans plusieurs colonies de chauves-souris dans un puits de mine abandonnés. » Cela veut dire qu'en 2016 son laboratoire continuait de s'intéresser très activement au coronavirus à SARS que recelait cette mine.

 

Dans une autre partie de l'addendum, elle tente d'expliquer de façon très peu convaincante que les mineurs n'avaient pas été contaminés par un coronavirus à SARS. Elle explique de façon flou que 13 échantillons hospitaliers prélevés entre Juin et Septembre 2012, impliquant 4 mineurs dont un seul était mort, avaient été négatifs au virus Ebola et Nipah ainsi qu'au SARSr-CoV (en relation avec l'épidémie de 2003)... mais bien entendu cela ne voulait en aucun cas dire qu'ils n'étaient pas atteints d'un coronavirus encore inconnu. Comble de la désinformation, elle ajoute que les échantillons testés à nouveau cette année sont négatifs au SARS-Cov2 ! Le contraire aurait été surprenant étant donné que ce virus n'existait pas encore 2012 mais seulement un prédécesseur. On aurait donc préféré qu'elle teste les échantillons par rapport aux 9 SARS-coronavirus prélevés dans la mine.

 

Il n'est pas interdit de penser que les 8 autres SARS-coronavirus identifiés dans cette mine aient été séquencés entièrement à l'Institut de virologie de Wuhan, sous la responsabilité de Shi Zheng Li.

          

La dissimulation de la séquence du RaTG13 et les déclarations fumeuses de Shi Zheng Li à propos de la mine de Mojiang, ainsi que la non-déclaration de cet incident épidémique à l'OMS, sont autant d'aveux circonstanciels de rétention et de manipulation de l'information destinée à la communauté internationale. Si ces informations étaient diffusées dans les media télévisuels, le grand public serait indigné et cela placerait la Chine dans une position diplomatique très inconfortable. Pour l'instant, elles restent dans un domaine confidentiel facilement assimilable à du « complotisme » et sont donc tout simplement ignorées. Ce mot générique permet de balayer d'un revers de manche des faits difficilement réfutables que nos élites ne souhaitent pas confronter en raison de leur conséquence politique.

 

Comme nous allons voir dans la partie suivante avec la théorie de l'horloge moléculaire, si l'on applique le rasoir d'Ockham*, en toute logique l'incident de la mine de Mojiang est la seule explication rationnelle à l'origine première de l'épidémie. Ce qui s'est passé ensuite ne pourra sans doute jamais être établi avec exactitude sans la coopération de la Chine. Que sont devenues les tonnes de guano extraites par les 6 mineurs ? Que sont devenus les échantillons prélevés par Shi Zheng Li sur des chauves-souris de Tongguan et ramenés à l'Institut de virologie de Wuhan ?

 

Auteur(s): Valère Lounnas et Gérard Guillaume, traduction de textes de la presse chinoise par Erwan Guillaume pour FranceSoir

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